Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας στεγάζεται στο παλαιό δημοτικό σχολείο της Αξιούπολης, σε μικρή απόσταση από το κέντρο της πόλης. Το μουσείο, που διοικείται από την Εταιρία Ανάπτυξης Πολιτισμού - Τουρισμού Αξιούπολης, αναπτύσσει ενεργό δράση στους τομείς της μελέτης του φυσικού περιβάλλοντος και της διαφύλαξης της πολύτιμης κληρονομιάς του φυσικού πλούτου της περιοχής.

Η ιδέα για τη δημιουργία του μουσείου ξεκίνησε το 1993. Την επόμενη κιόλας χρονιά, με την ένταξη του έργου στο κοινοτικό πρόγραμμα LEADER I, άρχισαν οι εργασίες αναπαλαίωσης του νεοκλασικού κτιρίου του παλαιού δημοτικού σχολείου της πόλης, προκειμένου να στεγαστεί το μουσείο. Ακολούθως, οργανώθηκαν τα πρώτα τμήματά του, σε συνεργασία με τις επιστημονικές ομάδες των ΤΕΙ Καβάλας (επικεφαλής: Θ. Αραμπατζής) και του Αριστοτέλειου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης (επικεφαλής: Γ. Δημόπουλος).

Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας άνοιξε τις πόρτες του στο κοινό τον Ιούνιο του 1997. Αργότερα, μέσω του προγράμματος INTERREG II, τα τμήματά του εμπλουτίστηκαν με τη συλλογή της πανίδας, την οποία οργάνωσε ομάδα του ΤΕΙ Καβάλας (επικεφαλής: Ν. Αβτζής).

Σήμερα, το μουσείο συνεχίζει τις προσπάθειές του πάνω στα ζητήματα της προώθησης της περιβαλλοντικής εκπαίδευσης και ευαισθητοποίησης των επισκεπτών του για την προστασία του φυσικού περιβάλλοντος. Με την ένταξη στο κοινοτικό πρόγραμμα INTERREG III και τη συνεργασία με το Τμήμα Πολιτισμικής Τεχνολογίας και Επικοινωνίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου, το μουσείο αξιοποιεί τις νέες τεχνολογίες και διευρύνει τις δραστηριότητές του και την επαφή του με το ευρύ κοινό.